小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。
地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
高山南 山崎和佳奈 神谷明 小山力也 林原惠美 山口胜平 田中秀幸 岛本须美 绪方贤一 堀川亮 松井菜樱子 宫村优子 岩居由希子 大谷育江 高木涉 高岛雅罗 堀之纪 立木文彦 小山茉美 三石琴乃 置鲇龙太郎 日高法子 池田秀一 古谷彻
斋藤千和 折笠富美子 雪野五月 野中蓝 植田佳奈 堀江由衣 大原沙耶香 樱井孝宏 石毛佐和 中世明日香 樋口智惠子 广桥凉 门胁舞以 松来未祐 泽城美雪 神谷浩史 新谷良子 生天目仁美 麦人 杉田智和
大桥彩香 津田美波 德井青空 长谷川明子 赤崎千夏 山冈百合 三泽纱千香 大原沙耶香 大龟明日香 田中芽以 本多真梨子 上坂堇 小岩井小鸟 长妻树里 原岛明里 仓田雅世 明坂聪美 名冢佳织 保志总一朗 津久井教生